這個條目顯示了從1990年到2002年日本市町村合併的一覽。
1991年
*2月1日
**熊本縣熊本市+飽託郡北部町+河内町+飽田町+天明町=熊本市（編入）
*4月1日
**岩手縣北上市+和賀郡和賀町+江釣子村=北上市（新設）
*5月1日
**靜岡縣濱松市+濱名郡可美村=濱松市（編入）
1992年
*3月3日
**茨城縣水戶市+東茨城郡常澄村=水戶市（編入）
*4月1日
**岩手縣盛岡市+紫波郡都南村=盛岡市（編入）
1993年
*7月1日
**長野縣飯田市+下伊那郡上鄉町=飯田市（編入）
1994年
*11月1日
**茨城縣那珂湊市+勝田市=常陸那珂市（新設）
1995年
*9月1日
**茨城縣鹿島郡大野村+鹿島町=鹿嶋市（編入／改称／市制）
**東京都秋川市+西多摩郡五日市町=秋留野市（新設）
1999年
*4月1日
**兵庫縣多紀郡篠山町+西紀町+丹南町+今田町=篠山市（新設／市制）
2001年
*1月1日
**新潟縣新潟市+西蒲原郡黑埼町=新潟市（編入）
*1月21日
**東京都田無市+保谷市=西東京市（新設）
*4月1日
**茨城縣行方郡牛堀町+潮來町=潮來市（編入／市制）
*5月1日
**埼玉縣浦和市+大宮市+與野市=埼玉市（新設）
*11月15日
**岩手縣大船渡市+氣仙郡三陸町=大船渡市（編入）
2002年
*4月1日
**香川縣大川郡津田町+大川町+志度町+寒川町+長尾町=讚岐市（新設／市制）
**沖繩縣島尻郡仲里村+具志川村=島尻郡久米島町（新設／町制）
*11月1日
**茨城縣筑波市+稻敷郡茎崎町=筑波市（編入）
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