癌症基因组图谱

癌症基因组图谱(,缩写TCGA)是由美国国家癌症研究所(,NCI)和国家人类基因组研究所(,NHGRI)2005年共同发起的癌症基因组计划,旨在利用高通量基因组分析技术发现癌症治疗的新靶标。

其一期“先遣计划”("pilot project")开始于2006年,集中研究三种恶性肿瘤:胶质母细胞瘤、肺癌和卵巢癌。2009年计划进入二期,预计到2014年分析20至25种肿瘤。到2015年底二期计划初步完成时,已完成了33种肿瘤的分析,其中包括十种罕见肿瘤。

該計畫最初的目標是收集並分析500例患者樣本,比當時大多數基因組學研究的樣本量都要大,並且採用了多種不同的分子技術。這些技術包括基因表达谱分析、拷贝数变异分析、SNP基因分型、全基因組DNA甲基化分析、microRNA分析和外顯子定序。由於計畫初期技術尚不成熟且成本有限,因此主要採用晶片技術,並進行了有限的標靶基因定序。在第二階段,TCGA得以對所有病例進行全和全轉錄組定序,並對其中10%的病例進行全基因組定序。

参考文献
外部链接

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