系統分類學（）是研究生物多样性的起源、分化及其演化关系的生物学分支学科，涵盖生物类群的发现、描述、命名、分类以及系統發生关系的重建。该领域旨在揭示不同类群在历史与现今尺度上的多样化过程，并阐明它们之间随时间形成的親緣關係。
类群之间的亲缘关系通常以树状结构加以可视化表示，即系統發生樹（演化树）。系統發生樹包含兩個基本要素：其一为分支顺序（拓扑结构），用于表示类群之间的相对亲缘远近，仅反映分支关系而不包括演化时间、等更多信息的简单树称为支序图（cladogram）；其二为分支長度，可表示遗传变化量、形态差异或演化时间尺度，可表现为系统树（phylogram）或时间树（chronogram）。
基于系统发生树，研究者可以进一步通过系统发生比较方法等手段分析性状演化过程（如形态或分子特征的变化）、祖先性状重建及生物地理历史等问题。因此，系统分类学的核心目标是重建并解释地球生命的演化历史与多样化模式。
现代系统分类学的发展建立在早期分类学传统之上。18世纪瑞典博物学家卡尔·林奈通过《自然系统》等著作奠定了生物命名与分类的基础框架，而演化论的提出则使系统分类学逐渐转向以共同祖先和演化关系为核心的自然分类体系。
参考文献
外部連結
- [http://tolweb.org/tree/phylogeny.html Tree of Life]
参见
- 支序分類學 - 一个系統分類學的方法学
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- 系统发生学 - 生物谱系之间的历史关系
- 16S 核糖体RNA - 一个被深入研究的核酸，在系统发生学中很有用
- 生物分類法和生物分类学 - 系統分類學的研究结果
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