日本足球俱樂部列表會列出位於現時有參加日本足球聯賽系統所屬職業聯賽（J1、J2、J3及JFL）的足球俱樂部，以下列表分別按俱樂部所在地區及所屬聯賽級別排列。
按聯賽等級
日本職業足球聯賽（1993年至現在）
甲組聯賽（第一級）
乙組聯賽（第二級）
丙組聯賽（第三級）
日本足球聯賽（第四級）
日本足球聯賽（Japan Football League，簡稱JFL）為日本最高級別的業餘足球聯賽，大部份球隊都是日本公司所屬的業餘球隊。職業聯賽球隊的B隊也可參加，只有持有日職聯準成員資格的A隊，才可升級至職業聯賽。
日本地區聯賽（第五級至第六級）
日本第四級聯賽稱為地區聯賽（地域リーグ），聯賽按地區分為九個區域，包括北海道、東北、關東、北信越、關西、東海、中國、四國及九州，各隊區域聯賽冠軍將會進入全國總決賽，稱為全國地區足球冠軍聯賽（全国地域サッカーチャンピオンズリーグ)，最佳成績的兩隊則可以升上日本足球聯賽。
北海道地區聯賽
東北地區聯賽
甲組聯賽
乙組北聯賽
乙組南聯賽
關東地區聯賽
甲組聯賽
乙組聯賽
北信越地區聯賽
甲組聯賽
乙組聯賽
東海地區聯賽
甲組聯賽
乙組聯賽
關西地區聯賽
甲組聯賽
乙組聯賽
中國地區聯賽
四國地區聯賽
九州地區聯賽
日本足球聯賽（1965年至1992年）
日本足球聯賽（日本サッカーリーグ，Japan Soccer League），是日本於1966年至1992年間的頂級聯賽，在日本職業化後被日職聯所取代。
WE聯賽（第一級）（2021年至今）
日本女子足球聯賽（1989年至今）
撫子聯賽甲組（第二級）
撫子聯賽乙組（第三級）
按地區
以下列表分別按足球俱樂部所在地區以日本行政區劃分類，只會列出曾經日本足球聯賽系統第四級以上的足球俱樂部，目前列表上只有福井縣、和歌山縣沒有。
要點
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