異染色質（heterochromatin）是细胞分裂间期细胞核内染色质丝折叠压缩程度高、处于凝聚状态、染料着色深、基因密度较高的染色质。富含重复DNA序列。复制延迟，一般无转录活性。
異染色質内的DNA为一種緊密的組合構型，主要特色為轉錄作用在其中受到限制。
結構
目前已知染色質有兩種類型，分別是常染色質與異染色質。兩者差異最早是以受到染色之後的顏色深度來分辨，前者較淡，而後者，也就是異染色質則較深，可見其結構較為緊密（組蛋白包覆率及雙螺旋化的程度較較高）。異染色質一般分佈於細胞核的邊緣地帶。
異染色質大多是由不具遺傳活性的衛星序列（satellite sequences）所構成。其中的基因皆受到不同程度抑制，有些即使在常染色質內也無法表現。在細胞週期的S phase中，異染色質比常染色質更晚進行複製，且只在真核生物中存在，著絲粒及端粒皆屬於異染色質，雌性體內去活化的X染色體（也就是巴爾氏體）也是。
參考來源
- Z. Avramova Heterochromatin in Animals and Plants. Similarities and Differences. [http://www.plantphysiol.org/cgi/content/full/129/1/40 Plant Physiology] May 2002, Vol. 129, pp. 40-49.
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