2016年夏季奧林匹克運動會愛沙尼亞代表團派出46名運動員參加2016年8月5日至8月21日在巴西里約熱內盧舉行的第三十一屆奧林匹克運動會。
奖牌获得者
射箭
爱沙尼亚有一名女子射箭运动员在2016年射箭世界杯上获得奥运资格。
田径
爱沙尼亚在田径项目上获得以下参赛席位（每个小项最多3名来自同一代表团的选手参加比赛）：
;注
*Note – 径赛运动员的预赛排名是该运动员所在小组的排名，而非总排名
*Q = 直接晋级至下一轮
*q = 径赛：因在所有未直接晋级选手中成绩靠前而获得剩下的晋级名额；田赛：未达到晋级标准成绩但总排名靠前
*NR = 国家纪录
*N/A = 该小项无此轮比赛
*Bye = 轮空
*NM = 无成绩
;男子
;径赛
;田赛
;十项全能
;女子
;径赛
;田赛
;七项全能
羽毛球
根据羽毛球世界联合会于2016年5月5日公布的世界排名，爱沙尼亚有一名男运动员获得奥运资格，之后由于一名双打运动员的退赛，该国有一名女运动员递补获得奥运资格。
自行车
公路赛
根据2015年UCI欧洲巡回赛的比赛结果，爱沙尼亚可派出两名男子公路自行车运动员参加本届奥运。
击剑
爱沙尼亚女子重剑队位列世界排名前4，直接获得奥运资格。与此同时，该国有一名男子重剑运动员凭借欧洲排名获得奥运资格。
柔道
IJF于2016年5月30日公布了柔道奥运排名，其中爱沙尼亚有一名男子100公斤级运动员由于在所有奥运排名22名以下的欧洲区选手当中排名前二（不包括因为国家奥委会满额而没能获取资格的运动员），获得奥运参赛资格。
赛艇
爱沙尼亚在2015年世界划船錦標賽上获得男子四人双桨的席位。
注：FA=A組決賽（爭奪獎牌）；FB=B組決賽（非爭奪獎牌）；FC=C組決賽（非爭奪獎牌）；FD=D組決賽（非爭奪獎牌）；FE=E組決賽（非爭奪獎牌）；FF=F組決賽（非爭奪獎牌）；SA/B=A/B組準決賽；SC/D=C/D組準決賽；SE/F=E/F組準決賽；QF=1/4决赛；R=複賽
帆船
爱沙尼亚在帆船项目上获得以下席位：
;男子
;女子
M = 決賽；EL = 被淘汰
射击
爱沙尼亚有一名射击运动员获得奥运资格。
注：Q = 晋级下一轮
游泳
爱沙尼亚有两名游泳运动员获外卡邀请，得以参加奥运。
铁人三项
爱沙尼亚有一名铁人三项运动员获得奥运资格。
举重
根据国际举重联合会公布的世界排名，爱沙尼亚在举重项目上获得一个男子席位。
摔跤
爱沙尼亚共有三名摔跤运动员获得奥运资格，其中一人在2015年世界摔跤锦标赛上进入前6名，直接获得奥运资格，另外两人则是在奥运摔跤欧洲区预选赛上获得资格。
注：
- - 对手双肩着地胜。
- - 得分胜利负方获有技术分。
- - 得分胜利负方未获技术分。
;男子古典式
;女子自由式
参考资料
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