2016年夏季奥林匹克运动会马其顿代表团

2016年夏季奥林匹克运动会马其顿代表团是马其顿共和国所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团，这是该国在后苏联时代第6次派代表参加奥运，也是该国于2019年更改国名前最后一次参加夏季奥运。

田径
马其顿在田径项目上获得以下参赛席位（每个小项最多3名来自同一代表团的选手参加比赛）：

;注
*Note – 径赛运动员的预赛排名是该运动员所在小组的排名，而非总排名
*Q = 直接晋级至下一轮
*q = 径赛：因在所有未直接晋级选手中成绩靠前而获得剩下的晋级名额；田赛：未达到晋级标准成绩但总排名靠前
*NR = 国家纪录
*N/A = 该小项无此轮比赛
*Bye = 轮空
*NM = 无成绩

;男子
;径赛

;女子
;径赛

柔道
马其顿有一名女子柔道运动员获三方委员会邀请，成为第一位代表马其顿参加奥运柔道比赛的运动员。

射击
马其顿有一名女子射击运动员获三方委员会邀请，取得奥运参赛资格。

;女子

注：Q = 晋级下一轮

游泳
马其顿有两名游泳运动员获外卡邀请，得以参加奥运。

参考