2016年夏季奧林匹克運動會印度尼西亚代表團參加2016年8月5日至8月21日在巴西里約熱內盧舉行的第三十一屆奧林匹克運動會。这是该国第15次派代表参加奥运。
奖牌统计
各项目奖牌分布
奖牌获得者
射箭
印度尼西亚有一名女运动员在丹麦哥本哈根举办的2015年世界射箭锦标赛上获得参赛名额。之后又有三名男选手在2016年射箭世界杯上为该国获得男子团体和男子个人的参赛名额。
田径
印度尼西亚在田径项目上获得以下资格（每个小项最多三名来自同一代表团的运动员参赛）：
;注
*Note – 径赛运动员的预赛排名是该运动员所在小组的排名，而非总排名
*Q = 直接晋级至下一轮
*q = 径赛：因在所有未直接晋级选手中成绩靠前而获得剩下的晋级名额；田赛：未达到晋级标准成绩但总排名靠前
*NR = 国家纪录
*N/A = 该小项无此轮比赛
*Bye = 轮空
;男子
;径赛
;女子
;田赛
羽毛球
根据国际羽联于2016年5月5日公布的世界排名，印尼队在羽毛球双打项目上获得两个混合、一个男子和一个女子名额，单打方面，该国获得一个男单和一个女单名额。
;男子
;女子
;混合
自行车
小轮车
印尼在小轮车上获得一个未分配席位。2016年6月8日，在2014年亚运会小轮车比赛上获得第四名的Toni Syarifudin确认将代表印尼参加奥运。
赛艇
印度尼西亚有两名选手在韩国忠州市举办的奥运赛艇亚洲区预选赛上获得资格，意味着该国时隔12年再度获得奥运赛艇参赛资格。
注：FA=A組決賽（爭奪獎牌）；FB=B組決賽（非爭奪獎牌）；FC=C組決賽（非爭奪獎牌）；FD=D組決賽（非爭奪獎牌）；FE=E組決賽（非爭奪獎牌）；FF=F組決賽（非爭奪獎牌）；SA/B=A/B組準決賽；SC/D=C/D組準決賽；SE/F=E/F組準決賽；QF=1/4决赛；R=複賽
游泳
印度尼西亚有两名游泳运动员获外卡邀请，取得奥运参赛资格。
举重
根据2014年和2015年世界举重锦标赛的表现，印尼队获得5个男子和2个女子席位。
2016年6月21日，印尼举重队公布了奥运参赛名单。
;男子
;女子
注释
参考资料
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