真菌界（学名：Fungi，单数为Fungus，复数可为Fungi或Funguses[3]）又称菌物界，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物以及为人熟知的菇类。真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物。
子囊菌门 （Ascomycota）
*Neolectomycetes
**Neolectales
*Pneumocystidomycetes
**Pneumocystidales
*Schizosaccharomycetes
**Schizosaccharomycetales
**环境样本
*Taphrinomycetes
**Taphrinales
*Archaeorhizomycetes
**Archaeorhizomycetales
**环境样本
*Arthoniomycetes
**Arthoniales
**Lichenostigmatales
**目未定
*Dothideomycetes
**Capnodiales
**Dothideales
**Myriangiales
**Jahnulales
**Mytilinidiales
**Pleosporales
**Botryosphaeriales
**Microthyriales
**Patellariales
**Trypetheliales
**目未定及环境、菌根样本
*Eurotiomycetes
**Chaetothyriales
**Pyrenulales
**Verrucariales
**Coryneliales
**Arachnomycetales
**Ascosphaerales
**Eurotiales
**Onygenales
**Mycocaliciales
**目未定及环境样本
*Geoglossomycetes
**Geoglossales
**目未定
*Laboulbeniomycetes
**Laboulbeniales
**Pyxidiophorales
**目未定及环境样本
*Lecanoromycetes
**Acarosporales
**Lecanorales
**Lecideales
**Peltigerales
**Teloschistales
**Agyriales
**Baeomycetales
**Ostropales
**Rhizocarpales
**Pertusariales
**Candelariales
**Umbilicariales
**目未定及环境样本
*Leotiomycetes
**Cyttariales
**Erysiphales
**Helotiales
**Leotiales
**Rhytismatales
**Thelebolales
**Medeolariales
**目未定及环境、菌根样本
*Lichinomycetes
**Eremothallales
**Lichinales
*Orbiliomycetes
**Orbiliales
*Pezizomycetes
**Pezizales
**目未定
*Pneumocystidomycetes
**Pneumocystidales
*Sordariomycetes
**Coronophorales
**Hypocreales
**Melanosporales
**Microascales
**Boliniales
**Calosphaeriales
**Chaetosphaeriales
**Coniochaetales
**Diaporthales
**Ophiostomatales
**Sordariales
**Lulworthiales
**Xylariales
**Phyllachorales
**Trichosphaeriales
**目未定及环境、菌根样本
*Saccharomycetes
**Saccharomycetales
*纲未定及环境、菌根样本
担子菌门 (Basidiomycota)
*Tremellomycetes
**Cystofilobasidiales
**Filobasidiales
**Tremellales
**Holtermanniales
**目未定
*Dacrymycetes
**Dacrymycetales
*Agaricomycetes
**Agaricales
**Atheliales
**Boletales
**†Prototaxales
**Amylocorticiales
**Jaapiales
**Lepidostromatales
**Geastrales
**Gomphales
**Hysterangiales
**Phallales
**Auriculariales
**Cantharellales
**Corticiales
**Gloeophyllales
**Hymenochaetales
**Polyporales
**Russulales
**Sebacinales
**Thelephorales
**Trechisporales
**目未定及环境样本
*Agaricostilbomycetes
**Agaricostilbales
**Spiculostilbales
**目未定及环境样本
*Atractiellomycetes
**Atractiellales
*Classiculomycetes
**Classiculales
*Cryptomycocolacomycetes
**Cryptomycocolacales
*Cystobasidiomycetes
**Cystobasidiales
**Erythrobasidiales
**Naohideales
**目未定
*Microbotryomycetes
**Heterogastridiales
**Kriegeriales
**Leucosporidiales
**Microbotryales
**Sporidiobolales
**目未定及环境样本
*Mixiomycetes
**Mixiales
*Pucciniomycetes
**Helicobasidiales
**Pachnocybales
**Platygloeales
**Pucciniales
**Septobasidiales
**目未定及环境样本
*Entorrhizomycetes
**Entorrhizales
*Ustilaginomycetes
**Urocystales
**Ustilaginales
**目未定及环境样本
*Exobasidiomycetes
**Ceraceosorales
**Doassansiales
**Entylomatales
**Exobasidiales
**Georgefischeriales
**Microstromatales
**Tilletiales
**Malasseziales
**目未定及环境样本
*Wallemiomycetes
**Wallemiales
**Geminibasidiales
**目未定
*纲未定及环境、菌根样本
芽枝霉门(Blastocladiomycota)
*Blastocladiomycetes
**Blastocladiales
**目未定
*环境样本
壶菌门(Chytridiomycota)
*Chytridiomycetes
**Chytridiales
**Cladochytriales
**Lobulomycetales
**Polychytriales
**Rhizophlyctidales
**Rhizophydiales
**Spizellomycetales
**目未定
*Monoblepharidomycetes
**Monoblepharidales
*纲未定及环境样本
球囊菌门 (Glomeromycota)
*Glomeromycetes
**Archaeosporales
**Diversisporales
**Glomerales
**Paraglomerales
**目未定及环境样本
*纲未定及环境样本
微孢子虫门（Microsporidia）
本门包括以下纲：
;纲、目的地位未定的科：
;纲、目和科的地位未定的属：
新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）
*Neocallimastigomycetes
**Neocallimastigales
*纲未定及环境样本
接合菌门 (Zygomycota)
*Zygomycetes
**Endogonales
**Mucorales
**Mortierellales
**Asellariales
**Kickxellales
**Dimargaritales
**Harpellales
**Entomophthorales
**Zoopagales
**目未定
门未定及环境、菌根样本
*其余的真菌种类（包括早期真菌种类及混合DNA片段）
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