台灣約有80種陸生哺乳動物，其中約40多種為台灣特有種及特有亞種；另外還有約30種海生哺乳動物被記錄。

鼩形目 Soricomorpha

• 鼴鼠科 Talpidae

台灣鼴鼠 - Mogera insularis insularis (Swinhoe, 1863) ※特有亞種

台灣高山鼴鼠 - Mogera kanoana (Oda & Lin, 2007) ※特有種

• 鼩鼱科（尖鼠科） Soricidae

山階氏鼩鼱 - Anourosorex yamashinai Kuroda, 1935 ※特有種

水鼩 - Chimarrogale himalayica (Gray, 1842) ※珍貴稀有野生動物

細尾長尾鼩 - Chodsigoa sodalis Thomas, 1913 ※特有種

台灣灰鼩鼱 - Crocidura tanakae Kuroda, 1938 ※特有種

华南中麝鼩 - Crocidura rapax G. Allen, 1923

##小麝鼩 (台灣小麝鼩) - C. r. kurodai Jameson and Jones, 1977 ※特有亞種

長尾麝鼩 - C. r. tadae Tokuda and Kano, 1936 ※特有亞種

#台灣煙尖鼠 - Episoriculus fumidus (Thomas, 1913) ※特有種
#香鼩 (家鼩、臭鼩) - Suncus murinus (Linnaeus, 1766)

翼手目 Chiroptera
蝙蝠因為指骨發展成翅膀的關係，成為唯一會飛行的哺乳動物，現今全球蝙蝠估計接近1000種，佔所有哺乳動物的四分之一，僅次於嚙齒目。

• 大蝙蝠科 Pteropidae

台灣狐蝠 - Pteropus dasymallus formosus Sclater, 1873 ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物

#印度犬果蝠 - Cynopterus sphinx
#棕果蝠 - Rousettus leschenaultii

• 蹄鼻蝠科 Rhinolophidae

台灣大蹄鼻蝠 - Rhinolophus formosae Sanborn ※特有種

台灣小蹄鼻蝠 - Rhinolophus monoceros K. Andersen, 1905 ※特有種

• 葉鼻蝠科 Hipposideridae

無尾葉鼻蝠 - Coelops frithi formosanus Horikawa ※特有亞種/ 珍貴稀有野生動物

台灣葉鼻蝠 - Hipposideros terasensis Kisida ※特有亞種

• 蝙蝠科 Vespertilionidae

黃頸蝠 (黃喉家蝠) - Arielulus torquatus Gabor & Lee ※特有種

#寬耳蝠 - Barbastella leucomelas (Cretzschmar, 1830)

堀川氏棕蝠 - Eptesicus serotinus horikawai Kishida, 1924 ※特有亞種

#毛翼大管鼻蝠 (大管鼻蝠) - Harpiocephalus harpia (Temminck, 1840)

金芒管鼻蝠 - Harpiola isodon Kuo et al., 2006

#台灣彩蝠 - Kerivoula furva
#摺翅蝠 - Miniopterus fuliginosus (Hodgson, 1835)

姬管鼻蝠 - Murina gracilis

黃胸管鼻蝠 - Murina lucogaster bicolor

#台灣管鼻蝠 (管鼻蝠) - Murina puta Kishida, 1924 ※特有種

高山管鼻蝠 - Murina sp.

黃金鼠耳蝠 - Myotis flavus (Shamel, 1944)

寬吻鼠耳蝠 - Myotis latirostris Kishida, 1932 ※特有種

渡瀨氏鼠耳蝠 - Myotis ruforniger watasei (Thomes) ※特有亞種

#台灣鼠耳蝠 - Myotis taiwanensis Linde, 1908 ※特有種

高山鼠耳蝠 - Myotis sp.

大足寬吻鼠耳蝠 - Myotis sp.

長尾鼠耳蝠 - Myotis sp.

夜蝠 - Nyctalus noctula (Schreber, 1774)

絨山蝠 - Nyctalus velutinus G. Allen, 1923

東亞家蝠 (家蝠) - Pipistrellus abramus (Temminck, 1835)

台灣家蝠 - Pipistrellus taiwanensis ※特有種

山家蝠 - Pipistrellus montanus※特有種

台灣長耳蝠 - Plecotus taivanus Yoshiyuki, 1991 ※特有種

高頭蝠 - Scotophilus kuhlii Leach, 1821

霜毛蝠 - Vespertilio sinensis Peters, 1880

• 游離尾蝠科 Molossidae

#皺鼻蝠 (東亞游離尾蝠) - Tadarida insignis Rafinesque, 1814

靈長目 Primates

• 獼猴科 Cercopithecidae

台灣獼猴 - Macaca cyclopis (Swinhoe, 1863) ※特有種

鱗甲目 Pholidota

• 穿山甲科 Manidae

台灣穿山甲（台灣鯪鯉）- Manis pentadactyla pentadactyla Linnaeus, 1758 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物

兔形目 Lagomorpha
兔形目由兩類動物所組成：兔科及鼠兔科。曾經被歸入為嚙齒目，直到20世紀才分開獨立一支。與嚙齒目最大分別為兔形目上顎有4顆門齒（兩排），而嚙齒目只有兩顆。

• 兔科 Leporidae

台灣野兔 - Lepus sinensis formosanus Thomas, 1908 ※特有亞種

嚙齒目 Rodentia

• 松鼠科 Sciuridae

台灣小鼯鼠 (小鼯鼠) - Belomys pearsonii kaleensis (Swinhoe) ※特有亞種

赤腹松鼠 - Callosciurus erythraeus (Pallas, 1779) ※特有亞種

長吻松鼠 - Dremomys pernyi owstoni (Thomas) ※特有亞種

白面鼯鼠 - Petaurista lena Thomas ※特有種

大赤鼯鼠 - Petaurista philippensis (Elliot, 1839) ※特有亞種

條紋松鼠 - Tamiops maritimus formosanus (Bonhote) ※特有亞種

• 鼠科 Muridae

#赤背條鼠 - Apodemus agrarius (Pallas, 1771)

台灣森鼠 - Apodemus semotus Thomas, 1908 ※特有種

鬼鼠 - Bandicota indica (Bechstein, 1800)

巢鼠 - Micromys minutus (Pallas, 1771)

田鼷鼠 - Mus caroli Bonhote, 1902

家鼷鼠 - Mus musculus Linnaeus, 1758

刺鼠 - Niviventer coxingi (Swinhoe, 1864) ※特有種

高山白腹鼠 - Niviventer culturatus (Thomas, 1917) ※特有種

緬甸小鼠 - Rattus exulans (Peale, 1848) ※外來種

小黃腹鼠 - Rattus losea (Swinhoe, 1871)

溝鼠 - Rattus norvegeicus (Berkenhout, 1769)

黑鼠 (玄鼠) - Rattus rattus (Linnaeus, 1758)

• 倉鼠科 Cricetidae

黑腹絨鼠 (台灣天鵝絨鼠) - Eothenomys melanogaster (Milne-Edwards, 1871)

台灣高山田鼠 (菊池氏田鼠) - Microtus kikuchii (Kuroda, 1920) ※特有種

食肉目 Carnivora

• 熊科 Ursidae

台灣黑熊 - Ursus thibetanus formosanus Swinhoe, 1864 ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物

• 貂科 Mustelidae

歐亞水獺 - Lutra lutra chinensis Gray, 1837 ※瀕臨絕種野生動物

黃喉貂 - Martes flavigula chrysospila Swinhoe, 1866 ※特有亞種 / 其他應予保育野生動物

鼬獾 - Melogale moschata subaurantiaca (Swinhoe, 1862) ※特有亞種

華南鼬鼠 (黃鼠狼) - Mustela sibirica taivana Thomas, 1913 ※特有亞種

台灣高山小黃鼠狼 - Mustela formosanus Lin & Harada,1997 ※特有種/ 其他應予保育野生動物

亞洲小爪水獺 - Aonyx cinerea(僅於金門零星發現過腳印)

*靈貓科 Viverridae

白鼻心 (果子狸) - Paguma larvata taivana Swinhoe, 1862 ※特有亞種

麝香貓 - Viverricula indica taivana Schwarz, 1911 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物

• 獴科 Herpestidae

食蟹獴 (棕簑貓)- Herpestes urva formosanus Bechthold, 1936 ※其他應予保育類野生動物

• 貓科 Felidae

石虎 (山貓) - Prionailurus bengalensis chinensis (Gray, 1837) ※瀕臨絕種野生動物

台灣雲豹 - Neofelis nebulosa brachyura (Swinhoe, 1862) ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物 / 滅絕

鯨偶蹄目 Cetartiodactyla
*豬科 Suidae

台灣野豬 - Sus scrofa taivanus (Swinhoe, 1863) ※特有亞種

侯氏豬 - Sus houi (Qi et al., 1999) ※滅絕 / 化石記錄種

• 鹿科 Cervidae

台灣梅花鹿 - Cervus nippon taiouanus （Blyth, 1860） ※特有亞種 / 野外滅絕

新竹梅花鹿 - Cervus nippon sintikuensis (Shikama,1937) ※滅絕 / 化石記錄種

臺灣水鹿 - Cervus unicolor swinhoei (Sclater, 1862) ※特有亞種 / 其他應予保育野生動物

山羌 - Muntiacus reevesi micrurus (Sclater, 1875) ※特有亞種

• 牛科 Bovidae

台灣野山羊 (長鬃山羊) - Naemorhedus swinhoei (Gray, 1862) ※特有種 / 其他應予保育野生動物

• 鬚鯨科 Balaenopteridae

小鬚鯨 (小鰮鯨)- Balaenoptera acutorostrata Lacépède, 1804 ※瀕臨絕種野生動物

鰮鯨 (塞鯨) - Balaenoptera borealis Lesson, 1828 ※瀕臨絕種野生動物

布氏鯨 (熱帶鰮鯨)- Balaenoptera brydei Olsen, 1913 ※瀕臨絕種野生動物

鯷鯨 - Balaenoptera edeni Anderson, 1879

藍鯨 - Balaenoptera musculus (Linnaeus,1758) ※瀕臨絕種野生動物

大村鯨 (角島鯨) - Balaenoptera omurai Shiro Wada

長鬚鯨 - Balaenoptera physalus (Linnaeus, 1758) ※瀕臨絕種野生動物

台灣鯨 - Balaenoptera taiwanica (Huang, 1965) ※滅絕 / 化石記錄種

大翅鯨- Megaptera novaeangliae (Borowski, 1781) ※瀕臨絕種野生動物

*灰鯨科 Eschrichtiidae

灰鯨 - Eschrichtius robustus (Lilljeborg, 1861) 　※瀕臨絕種野生動物

*露脊鯨科 Balaenidae

北太平洋露脊鯨 - Eubalaena japonica (Gray, 1864) 　※瀕臨絕種野生動物

• 抹香鯨科 Physeteridae

抹香鯨 - Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758　※瀕臨絕種野生動物

• 小抹香鯨科 Kogiidae

小抹香鯨 - Kogia breviceps (Blainville, 1838) 　※珍貴稀有野生動物

#侏儒抹香鯨 - Kogia sima (Owen, 1866) 　※珍貴稀有野生動物

*喙鯨科 Ziphiidae

柏氏中喙鯨 (布蘭氏喙鯨) - Mesoplodon densirostris (Blainville, 1817) 　※珍貴稀有野生動物

#銀杏中喙鯨 (銀杏齒喙鯨) - Mesoplodon ginkgodens Nishiwaki & Kamiya, 1958　※珍貴稀有野生動物

柯氏喙鯨 (柯維氏喙鯨) - Ziphius cavirostris G. Cuvier, 1823　※珍貴稀有野生動物

#朗氏喙鯨 - Mesoplodon pacificus, 2005

• 海豚科 Delphinidae

短吻真海豚 - Delphinus delphis Linnaeus, 1758　※珍貴稀有野生動物

小虎鯨 - Feresa attenuata Gray, 1874　※珍貴稀有野生動物

短肢領航鯨 - Globicephala macrorhynchus Gray, 1846　※珍貴稀有野生動物

瑞氏海豚 (花紋海豚) - Grampus griseus (G. Cuvier, 1812) ※珍貴稀有野生動物

弗氏海豚 - Lagenodelphis hosei Fraser, 1956　※珍貴稀有野生動物

虎鯨 - Orcinus orca (Linnaeus, 1758) 　※珍貴稀有野生動物

#瓜頭鯨 - Peponocephala electra (Gray, 1846) 　※珍貴稀有野生動物

偽虎鯨 - Pseudorca crassidens (Owen, 1846) 　※珍貴稀有野生動物

苑裡偽虎鯨 - Pseudorca yuanliensis (Chang & Cheng , 1998) ※滅絕 / 化石記錄種

中華白海豚 (印太洋駝海豚) - Sousa chinensis (Osbeck, 1765) 　※珍貴稀有野生動物

熱帶斑海豚 (熱帶點斑原海豚) - Stenella attenuata (Gray, 1846) 　※珍貴稀有野生動物

條紋海豚 (條紋原海豚) - Stenella coeruleoalba (Meyen, 1833) 　※珍貴稀有野生動物

#長吻飛旋海豚 (飛旋海豚) - Stenella longirostris (Gray, 1828) 　※珍貴稀有野生動物
#糙齒海豚 (皺齒海豚) - Steno bredanensis (G. Cuvier in Lesson, 1828) 　※珍貴稀有野生動物

印太瓶鼻海豚 - Tursiops aduncus (Ehrenberg, 1833)

瓶鼻海豚 - Tursiops truncatus (Montagu, 1821) ※珍貴稀有野生動物

• 鼠海豚科 Phocoenidae

#新鼠豚 (露脊鼠海豚、江豚) - Neophocaena phocaenoides (G. Cuvier, 1829) 　※瀕臨絕種野生動物

海牛目 Sirenia

• 儒艮科 Dugongidae

儒艮 - Dugong dugon (Müller, 1776)

外部連結

• [http://tesri.tesri.gov.tw/view.php?catid=1789 台灣陸生哺乳類名錄]，農委會特有生物研究保育中心