耗散粒子动力学(Dissipative particle dynamics,DPD)是一种的分子模拟算法,用于模拟复杂流体的行为。DPD方法首先由Hoogerbrugge和Koelman于1992年提出,用于解决格状自动机方法与实际的差异和分子动力学(MD)所无法解决的介观的时间与空间尺度上的流体问题。之后被Espanol改写,使其符合热平衡状态的条件。此后,一些列扩展的和经过优化的的DPD算法被提出。
DPD是一种非格子模型的方法,模拟粒子在连续的空间和间断的时间中运动。DPD方法中单个粒子代表整个分子或包含多个分子,或高分子的一个片段的流体区域,而不是单个原子,并且不考虑原子的行为细节,认为其与过程无关。粒子自身的自由度被整合,粒子间的受力由一对保守力、耗散力与随机力表示,并以此保证动量守恒与正确的流体动力学行为。这些近似的结果使得DPD方法能模拟更大空间和时间尺度的系统。与全原子模拟相比,DPD方法虽然不能提供原子尺度的描述,但其因为把数个溶剂分子“捆绑”成一个DPD粒子的处理,使得粒子间有有效的摩擦相互作用和涨落,反而能得到较为准确的流体动力学性质。
DPD方法与传统的MD模拟方法相比,主要优势在于可实现更大时间与空间尺度的模拟计算。100 nm尺寸的聚合物流体在几十微秒时间尺度的模拟现已普遍使用。
方程
DPD将两个不成键粒子i与j之间的作用力分为三种,分别是保守力(F^C_{ij}),耗散力(F^D_{ij})和随机力(F^R_{ij}):
: f_i = \sum_{j \ne i}(F^C_{ij} + F^D_{ij} + F^R_{ij})
为了减少计算时间,设有截断半径r_c,仅当两粒子间距离小于截断半径时才计算两者间的作用力。
保守力代表粒子的化学性质,不同种类粒子保守力的作用参数不同,以此区分不同粒子之间的亲疏性。保守力是软排斥作用:
: F^C_{ij} = a_{ij}(1-\frac{r_{ij}}{r_c})\hat{r}_{ij}
其中a_{ij}是两种粒子间的相互作用参数,与Flory-Huggins作用参数有关。
耗散力与随机力的值通过涨落-耗散定理相关联,并使其统计值符合系统温度:
: F^D_{ij} = -\gamma\omega_D^{2}(\hat{r}_{ij}\cdot\vec{v}_{ij})\hat{r}_{ij}
: F^R_{ij} = \sigma\omega_R\theta_{ij}\hat{r}_{ij}
其中\gamma是控制耗散力的摩擦系数,\sigma是控制随机力的噪声振幅,两者间满足\sigma^2 = 2\gamma k_B T。\theta_{ij}是随机波动变化因子,是与积分时间元有关的正态分布函数,期望值为0。\omega是依赖于距离的权重函数,耗散力和随机力的权重因子选取是任意的,但两者间应当满足\omega_D = \omega_R^2 以符合玻尔兹曼统计。最基本的DPD方法中通常选取:
: \omega_R = \begin{cases}
1 - \frac{r_{ij}}{r_c} & (r_{ij}
此外,根据实际模型中粒子间的成键,还加入以弹簧振子为模型的键张力,和用于维持一定键角的角张力等。
参考资料
相关模拟程序
一些包含DPD方法的软件和程序包列于此:
- [https://web.archive.org/web/20140503151537/http://md.chem.rug.nl/~ngoga/ Gromacs-DPD]: A modified version of Gromacs including DPD.
- [http://www.onezero.ca Fluidix] : The Fluidix simulation suite available from OneZero Software.
- [http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue/index.html HOOMD-blue] : Highly Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics—Blue Edition
- Materials Studio: Materials Studio - Modeling and simulation for studying chemicals and materials, Accelrys Software Inc.
- [http://www.culgi.com CULGI] : The Chemistry Unified Language Interface, Culgi B.V., The Netherlands
- [http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_MESO/index.shtml DL_MESO] : Open-source mesoscale simulation software.
- [http://gpiutmd.iut.ac.ir/index.php GPIUTMD] : Graphical processors for Many-Particle Dynamics
- [http://lammps.sandia.gov/ LAMMPS]
- [https://web.archive.org/web/20130527151203/http://www.scienomics.com/products/lammps-dpd LAMMPS interface] in the MAPS suite of Scienomics
- [http://espressomd.org/ ESPResSo]
- [http://www.apmaths.uwo.ca/~mkarttu/dpdmacs.shtml DPDmacs]
评论 (0)