澎湖巡檢司，又稱澎湖寨巡檢司，設置於澎湖群島，跨元、明、清三代，隸屬福建同安縣。
南宋泉州知州汪大猷曾設寨於此，造寨屋（營房）二百間，初為水師戍防之所。正式設治時間以元世祖至元十八年（1281年）的考證最為早，也就是根據一般史書及《元史》、《新元史》考定。據該史書，元朝正式設置澎湖巡檢司，隸屬福建同安縣，主官為澎湖寨巡檢。。
明朝擊敗元朝取得中原政權後，依循前例於澎湖設置該官署，隸屬福建同安縣，至1384年因為實施封海政策，予以廢除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝復設澎湖寨巡檢司。此官署直至1622年，荷蘭東印度公司占領澎湖為止。
元朝
元世祖至元18年（西元1281年）11月澎湖正式設澎湖巡檢司，隸屬福建同安。
野史記載該地原於南宋隸屬於晉江縣，曾遣兵戍守澎湖。
到元朝時該地方正式隸屬福建同安縣，主官為澎湖寨巡檢。駐於澎湖馬公的巡檢官職，是元朝最基層的官員，1366年尚在任的澎湖寨巡檢陳信惠是元朝首位駐澎官員。
明朝
1370年代，明朝統治中國後，仍循例於該地設置巡檢官職，也繼續設置澎湖巡檢司這個行政官署，直至1384年實施封海政策而廢除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝復設澎湖寨巡檢。此官職直至1622年，荷蘭佔領澎湖為止，才免予實授。
1604年（萬曆三十二年）時，荷蘭東印度公司司令官韋麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率兩艘船抵達澎湖，並派員往福建請求貿易。福建當局立即嚴禁人民出海接濟，並派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷蘭人撤退。韋麻郎見求通商無望，又缺乏補給，於是在當年底離開澎湖。明朝政府於島上立有沈有容諭退紅毛番碑，現存於澎湖天后宮。
此官署直至1622年，荷蘭人入侵澎湖為止。1622年時，由於與葡萄牙人爭奪澳門的軍事攻擊行動失敗，荷蘭艦隊最後抵達了澎湖並且在馬公風櫃尾蛇頭山頂設立了基地。明朝政府退出澎湖。荷蘭軍隊強迫當地的居民建設碉堡，並使得奴役工作的1500個工人的其中1300人死亡。明朝政府警告駐紮的荷蘭艦隊澎湖為其領土，之後荷蘭人於澎湖之戰被明軍擊退，轉往台灣。
此戰之後，明朝雖再次取得澎湖，卻未復設澎湖巡檢司之職。根據明史記載，明朝在澎湖之戰後重新筑城，并设游击一，把总二，统兵三千，建立起炮台以作守備。
清朝
清康熙二十三年（1684年），澎湖地方循明郑舊制，設置巡檢司，官署設於大山嶼文澳（今馬公市西文里），隸屬臺灣縣轄下單位，長官作巡檢，配置一員，後因改單獨設置澎湖通判而終止；巡檢司名籍如下表：
管轄區域
澎湖群島：90個大小島嶼所組成，以下列出主要有人居住的島嶼
- 澎湖本島
- 白沙島
- 西嶼
- 望安島
- 七美嶼
- 吉貝嶼
- 鳥嶼
- 中屯嶼
- 大倉嶼
- 員貝嶼
- 目斗嶼
- 小門嶼
- 虎井嶼
- 桶盤嶼
- 花嶼
- 將軍澳嶼
- 東吉嶼
- 東嶼坪嶼
- 西嶼坪嶼
參考文獻
引用
来源
- 劉寧顏 編：《重修台灣省通志》，臺北市：台灣省文獻委員會，1994年。
- 莊永明，1989年，《台灣紀事》，台北，時報出版社。
- 南宋理宗宝庆元年（西元1225年）宗室赵汝适著《诸蕃志》记载：“泉有海岛曰彭湖，隶晋江县”
- 南宋马端临的《文献通考》曾记载：“ 琉求国在泉州之东，有岛曰澎湖。烟火相望，水行五日而至”
*《元史·琉求》的记载： “在南海之东。漳泉兴福四界内彭湖诸岛，与琉求相对”
*《元史·琉求》中记载元世祖在位时曾遣使自澎湖巡检司出发宣抚流求，渡海遇到一个“山长而低者”的地方，使臣认定到达琉求，但跟当地人语言不通，登陆的两百余人中有三人遭到杀害，无功而返，元成宗元贞三年，福建省平章政事高兴言：“今立省泉州，距琉求为近，可伺其消息，或宜招宜伐，不必它调兵力，兴请就近试之。”九月，高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，生擒一百三十余人而返。
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