。在國府遷台之後，中華民國曾以蘇聯並未做到「不援助中共」等條件認為蘇聯違約在先，於1953年2月24日單方面廢除《中蘇友好同盟條約》，改為不承認外蒙古獨立。由於近代蒙古獨立牽涉到許多政治、法理與意識型態問題，中華民國方面對於蒙古國承認與否曾經是一敏感政治議題。直到台灣首次政黨輪替後，中華民國於2002年重申其承認蒙古國，並於對方首都互設具大使館功能的代表機構。而因蒙古政府遵循一个中国政策，台灣和蒙古國雙方僅保持非官方往來。同年7月28日，中華民國出席聯合國代表團代表徐淑希在联合国安理会发表演說，反對外蒙古加入聯合國。8月18日，安理会第186次会议，中华民国代表蒋廷黻以该事件为由投票反对蒙古加入联合国，此事在聯合國大會引起安理會是否越權的討論。
1949年10月1日，中華人民共和國成立後，蒙古人民共和國隨即給予外交承認，兩國並於10月16日建立正式外交關係。
中華民國政府遷臺後
第六次會議實錄》所附的《中華民國全圖》，將外蒙古顯示為中華民國之蒙古地方，不承認外蒙古獨立。]]
1953年，由於被稱為「控蘇案」的聯合國大會決議成立，蔣中正政府廢止《中蘇友好同盟條約》之效力，並取消對蒙古人民共和國之獨立承認，重新將其視為「蒙古地方」。藉以再度表示「中華民國疆域仍包含外蒙古，狀似秋海棠葉」。中華民國國民大會秘書處自民國68年（1979年）5月至民國80年（1991年）10月所編《會議實錄》與所附《中華民國全圖》都將外蒙古劃入版圖，即「秋海棠地圖」。
1955年12月13日，安理会第704次全体会议，中华民国代表蔣廷黻在安理會對《联合国大會3502號草案》中，蒙古人民共和国加入联合国的部分行使否決權，理由是外蒙古在朝鲜战争中幫助侵略者朝鲜。
1956年12月12日，安理会第756次全体会议，中華民國代表蔣廷黻投出「五常」中唯一否決票，以外蒙古是蘇聯的殖民地，且被用於侵略中國和韓國為理由，否決蒙古加入聯合國的申請。
1957年9月9日，安理会第790次全体会议，中華民國代表蔣廷黻再度对外蒙古加入联合国案实行否决权，理由是外蒙古是蘇聯的卫星国。
1961年10月3日，中華民國總統蔣中正告以美國《生活雜誌》，決不惜任何代價阻止中共及外蒙進入聯合國10月27日，联合国大会通过《第1630号决议案》，接纳蒙古人民共和国加入联合国，中华民国也未参加表决。
1966年3月26日，美國考慮承認蒙古人民共和國，中華民國政府堅決反對；4月8日，外交部宣布，反對任何國家承認外蒙古之立場決不變更。
1968年2月27日，中華民國駐日大使陈之迈向日本政府嚴重抗議日本欲與蒙古建交企圖立法院最終表示「在國民大會未依法議決變更領土將外蒙納入版圖之前，政府施政不得擅自將蒙古人民共和國視為我國疆域」，不過內政部、外交部、蒙藏委員會重申外蒙古是中華民國固有疆域的一部分，但未來時機成熟時可以考慮承認外蒙古獨立。而同年司法院作出的回覆則為領土問題為政治議題，非司法院所能解釋。
雙邊關係正常化
1990年代初，隨著台灣民主化和蒙古民主革命，台灣方面與蒙古國的雙邊關係逐漸正常化。
1997年，中華民國首都台北市與蒙古國首都烏蘭巴托締結為姐妹市。
1999年，卸任台北市長後的陳水扁展開「學習之旅」，於該年以個人身分造訪蒙古。
2000年，陳水扁當選總統後便決定改變態度，積極推動正式承認蒙古國是獨立的國家。2002年1月，中華民國行政院修改《臺灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則》第三條，將「外蒙古地區」從大陸地區的定義之中移除。同日，中華民國外交部亦宣佈重新承認蒙古國為一獨立國家。
然而，《中華民國年鑑》直到2005年止，仍然繼續主張其疆域面積1,141萬8,174平方公里，陸界大多停格在清末條約，其公告疆域行政區劃仍包括外蒙古。
2005年10月3日，中華民國政府又棄用各省（市）縣（市）行政區域代碼。《中華民國年鑑》也於同年起不再將「大陸地區」列於《土地》一章之中。此後政府文獻中列出之行政區域僅包括實際統治的「台澎金馬」。而在馬英九政府時期，政府亦聲明中華民國憲法中的「固有之疆域」範圍是「老母雞」（包括中國大陸）而非包括蒙古在內的「秋海棠」。
2007年，蒙古前總統彭薩勒瑪·奧其爾巴特抵台訪問參加全球新興民主論壇，並與時任總統陳水扁會晤、參觀國立故宮博物院。
2012年5月21日，行政院大陸委員會發表新聞稿表示「一、民國35年（1946年）我國憲法制定公布時，蒙古（俗稱外蒙古）獨立已為我政府所承認，因此，當時蒙古已非我國憲法第4條所稱的『固有之疆域』。外交部雖於民國42年（1953年）提經立法院決議廢止「中蘇友好同盟條約」，但並未完成憲法領土變更之程序。」「三、外交部在91年（2002年）7月8日函示略以：「蒙古已為主權獨立國家，且為聯合國會員國之一。國際法上國家之承認，原則上屬於『無條件與不可撤回的』，當時承認之相關要件迄今仍存在。」
2017年9月15日，蒙藏委員會裁撤，原業務交由文化部、外交部與行政院大陸委員會承接。文化部在蒙藏委員會原址成立蒙藏文化中心；與蒙古國往來交流的業務改由外交部執行。
2020年7月30日，前中華民國總統李登輝逝世，蒙古對太平洋地區友好國家合作協會執行委員會主席剛巴特（Ganbaatar Khuyag）致函中華民國外交部表示哀悼。
代表機構
2002年2月，中華民國與蒙古國商議設立代表處，6月簽署互設代表處約本。
2002年8月6日，中華民國行政院核定設處。9月1日，設立駐烏蘭巴托臺北貿易經濟代表處。
2003年2月17日，蒙古國設立駐台北烏蘭巴托貿易經濟代表處。
經濟
背景
中華民國與蒙古國的重要貿易障礙導因於政治因素，至今尚未簽署避免、投資保障與等協定，以致影響貿易與投資發展。另蒙古為內陸國家，對外並無出口海港，必須仰賴中華人民共和國的天津港與俄羅斯的，且兩國無直航班機，人員往返需經第三地轉機，造成交流的不便與限制。現已裁撤。
2003年，臺灣的中國輸出入銀行與簽署合作協議，針對購買設備與產品的蒙古廠商提供低利貸款。駐烏蘭巴托臺北貿易經濟代表處自2017年開始推動「臺蒙產業接軌」，加強推廣中國輸出入銀行提供6家蒙古銀行共3,000萬美元額度的轉融資，推廣臺灣的食品加工、建筑材料、信息技术與醫療等相關產品。此外，透過外貿協會協助企業對接，提供即時商務資訊。
臺灣近年來多次組團赴蒙古參加商展，雙方並派團互訪及舉辦經貿洽談會。蒙古廠商對採購、印刷設備、果汁生產整廠輸出設備、食品加工設備、環保設備、汽車零配件、電腦電子類產品與建築材料等抱持高度興趣。
近兩年出口至蒙古的項目詳見：
近兩年自蒙古進口的項目詳見：
投資
截至2022年，兩國相互投資的金額與件數稀少，臺商赴蒙古國總投資金額約40萬美元，計有1件；蒙古國赴臺灣總投資金額約3.1萬美元，計有3件。
項目包括紡織、包裝機械、電腦資訊、電信、印刷與出版、餐飲、健康休閒、旅遊、房地產及電子娛樂等；未來有可能拓展至黃金開採、焦炭提煉、、皮革加工、畜肉食品加工、農業種植及飼養業等領域。
會議
為加強兩國經貿交流與合作關係，中華民國國際經濟合作協會（國經協會）於2002年1月與蒙古商工總會（Mongolian National Chamber of Commerce and Industry, MNCCI）簽署雙邊合作協定，每年雙方輪流主辦「台蒙經濟聯席會議」，共同致力於推動雙邊工商企業界的貿易與投資合作以及兩國的實質友好關係。
2015年5月，第14屆台蒙經濟聯席會議於台北舉行。蒙古駐台北烏蘭巴托貿易經濟代表處代表額勒貝格（Samdan Elbeg）頒贈「烏蘭巴托市建城375周年獎章」給中華民國對外貿易發展協會（外貿協會），由秘書長黃文榮（兼任國經協會蒙古委員會主任委員，聯席會議主席）代表接受，以表彰外貿協會多年來對於促進雙邊經貿交流所做的努力及貢獻。
2019年3月，第18屆經濟聯席會議於臺北舉行，由國經協會蒙古委員會主任委員與蒙古商工總會新任會長共同主持，蒙古團人數有78人，創歷屆到訪團員人數之最。
交流
。]]
學術
2012年11月，應蒙古國家博物館之邀請，国立故宮博物院副院長何傳馨前往蒙古國參加「紀念成吉思汗誕辰850週年」活動，並提供院藏成吉思汗、元代帝-{后}-畫像及元世祖忽必烈出獵圖等24件文物複製品於該館展出。
2015年9月，國立故宮博物院受邀派員前往蒙古國參加「慶祝忽必烈誕辰800周年」國際學術研討會，並發表《國立故宮博物院藏蒙古文物彙編》畫冊專書。
教育
雙方簽有多項教育合作備忘錄，中華民國政府及台灣多所大專院校每年也提供多項獎學金，如臺灣獎學金、華語文獎學金、國際合作發展基金會獎學金等，提供蒙古國學生前往臺灣攻讀學位或學習中文。
台灣多所大專院校在蒙古國首都烏蘭巴托舉行臺灣教育展，至2017年，已舉辦第九屆。
協定
{|class=wikitable
|+雙邊文件
!日期!!簽署!!備註
|-
| 2002年12月3日 || 《台灣證券交易所與為交換資訊和廣泛合作基礎之協議備忘錄》 ||
|-
| 2005年1月12日 || 《臺灣標準檢驗局與蒙古標準暨度量衡局標準化、度量衡及合作瞭解備忘錄》 ||
|-
| 2005年3月17日 || 《中華民國（臺灣）行政院衛生署與蒙古衛生部間合作瞭解備忘錄》 ||
|-
| 2006年8月 || 《中華民國國家圖書館與蒙古國家圖書館合作協議》 ||
|-
| 2007年3月15日 || 《台灣公平交易委員會（TFTC）與蒙古公平交易局（UCRA）有關競爭法施行合作瞭解備忘錄》 ||
|-
| 2007年8月21日 || 《台灣國家科學委員會與蒙古科學院間科學合作協定》
《台灣國家科學委員會與蒙古教育文化科學部合作協定》 ||
|-
| 2007年10月 || 《國立台灣藝術大學與蒙古藝術暨文化大學學術文化合作協議》 ||
|-
| 2017年7月7日 || 《國立故宮博物院與蒙古科學院、駐台北烏蘭巴托貿易經濟代表處合作備忘錄》 ||
持有蒙古國護照的蒙古國國民抵台參加由中央政府機關主辦、協辦或贊助之國際會議、運動賽事、商展或其他活動，可以電子簽證入境中華民國，停留最多30天並不得延期。
交通
航空
客運
兩國無直航班機，可經由（限亞洲航點，不計遠近，截至2025年8月31日）
注釋
參考資料
参见
*北塔山事件
*外蒙古獨立
*聯合國大會505號決議
*蒙藏委员会
*在臺蒙古人
*中華民國與西藏關係史
外部連結
*[https://www.mofa.gov.tw/CountryInfo.aspx?CASN=3&n=162&sms=33&s=102 中華民國外交部－蒙古國簡介]
*（）
*
*
*[http://www.cieca.org.tw/style/frame/m9/faq.asp?lang=1&customer_id=2998&content_set=color_1&name_id=151617&Directory_ID=3223 中華民國國際經濟合作協會]
*
*
*[https://www.mofa.gov.tw/OfficesInROC_Content.aspx?n=169&sms=86&s=102&os=56 駐台北烏蘭巴托貿易經濟代表處]
*
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