清华大学初創立時原本是綜合性大學，1952年院系調整時，成為專門工科大學，1984年後，開始大力恢復綜合性大學，先後逐步建立、復建各類理科、文科、管理學科、高新技術專業等類院系，朝綜合性大學邁進。
创校时期
》1934年向导专刊）]]
清华創校初期，沒有區分院系、年級、班級。1911年2月，《清华学堂章程》实行“四四”学制，即高等科与中等科各四年。张伯苓任清華教務長之後，依据学部颁布的癸卯学制，改“五三”学制，即高等科5年、中等科各三年。
1916年，周诒春校长正式提出清华改办大学，逐步將廢除高等科与中等科。
*1928年，更名为“国立清华大学”，本科四年毕业，第一年即分系专修。
*1929年，留美预备部全部毕业遣送美国完毕，国学研究院结束。大学部分文、理、法三学苑，土木工程系附属于理学院。
*1930年，正式成立研究院。
*1932年，工学院成立。
*到1934年6月招生前，文、理、法、工学院共17个学系，研究院逐步成立13个研究所：
南迁
*1938年，南迁组建长沙临大，三校各系合并，共设有4个学院17个学系。西南联大时期略有改动，并增设师范学院，至1941年基本定型，拥有5个学院、26学系、2个专修科、1个先修科。此外，清华还拥有5个特种研究所和恢复中的研究院。
#与其他学校、研究所共享；*隶属北京协和医学院，不属于清华大学
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國家研究中心
- 北京信息科学与技术国家研究中心
重大科技基础设施
- 国家蛋白质科学基础设施（北京基地）
*地球系统数值模拟装置
*未来网络试验设施
*极深地下低辐射本底前沿物理实验设施
国家大型科学仪器中心
- 北京电子能谱中心
- 北京电子显微镜中心
国家重点实验室（13个）
- 化学工程联合国家重点实验室#
- 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室#
- 低维量子物理国家重点实验室
- 生物膜与膜生物工程国家重点实验室#
- 精密测试技术及仪器国家重点实验室#
- 集成光电子学国家重点联合实验室#
- 微波与数字通信技术国家重点实验室
- 智能技术与系统国家重点实验室
- 水沙科学与水利水电工程国家重点实验室
- 摩擦学国家重点实验室
- 汽车安全与节能国家重点实验室
- 电力系统及发电设备控制和仿真国家重点实验室
- 新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室
国家工程实验室（11 个）
*数字电视国家工程实验室 （北京）
*电子商务交易技术国家工程实验室
*神经调控技术国家工程实验室
*抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室
*下一代互联网核心国家工程实验室
*特高压工程技术（昆明、广州）国家实验室
*工业酶国家程实验室
*城市轨道交通绿色与安全建造技术国家工程实验室
*烟气多污染物控制技术与装备国家工程实验室
*危爆物品扫描探测技术国家工程实验室
*大数据系统软件国家工程实验室
国家工程研究中心（4个）
- 光盘系统及应用技术国家工程研究中心
- 工业锅炉及民用煤清洁燃烧技术国家工程研究中心
- 燃气轮机与煤气化联合循环国家工程研究中心
- 生物芯片北京国家工程研究中心
国家工程技术研究中心（3个）
- 国家道路交通管理工程技术研究中心（清华分中心）
- 国家计算机集成制造系统工程技术研究中心
- 国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心
重大事故防控技术支撑基地（ 1个）
*城市安全重大事故防控技术支撑基地
国家国际科技合作基地(联合研发中心)（6个）
- 新能源与环境国际研发中心
- 清华大学新材料国际研发中心
*功能材料国际联合研究中心
*中美清洁汽车技术国际联合研究中心
*中拉清洁能源与气候变化国际联合研究中心
*中俄航天航空创新技术国际联合研究中心
国家国际科技合作基地(示范型合作基地)
- 摩擦学国家重点实验室(清华大学)
- 清华大学中俄战略合作研究所
国家产教融合平台（1个）
- 国家集成电路产教融合创新平台
“一带一路”联合实验室（1个）
- 中国-印尼高温气冷堆“一带一路”联合实验室
习近平新时代中国特色社会主义思想研究院（1个）
- 清华大学习近平新时代中国特色社会主义思想研究院
清华大学-北京大学生命科学联合中心（1个）
- 清华大学-北京大学生命科学联合中心
教育部重点实验室
- 生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室
- 工业生物催化教育部重点实验室
- 应用力学教育部重点实验室
- 地球系统数值模拟教育部重点实验室
- 蛋白质科学教育部重点实验室
- 生物信息学教育部重点实验室
- 普适计算教育部重点实验室
- 粒子技术与辐射成像教育部重点实验室
- 信息系统安全教育部重点实验室
- 生态规划与绿色建筑教育部重点实验室
- 土木工程安全与耐久教育部重点实验室
- 固体废物资源化及应急控制工程教育部重点实验室
- 先进成形制造教育部重点实验室
- 热科学与动力工程教育部重点实验室
- 先进反应堆工程与安全教育部重点实验室
- 先进材料教育部重点实验室
- 有机光电子及分子工程教育部重点实验室
教育部-微软重点实验室
- 清华大学媒体与网络技术实验室
教育部工程研究中心
- 教育部建筑节能工程研究中心
- 教育部固体器件与集成技术工程研究中心
- 教育部辐射技术与辐射成像工程研究中心
- 教育部清洁能源化工技术工程研究中心
- 教育部核电技术工程研究中心
- 教育部计算机网络技术工程研究中心
教育部人文社会科学重点研究基地
- 清华大学现代管理研究中心
- 清华大学技术创新研究中心
- 清华大学高校德育研究中心
- 清华大学出土文献与中国古代文明研究中心
教育部战略研究基地
- 清华大学科技教育发展战略研究中心
教育部教育战略与规划研究中心
- 教育部-清华大学教育战略决策与国家规划研究中心
环保部重点实验室
- 国家环境保护微生物利用与安全控制重点实验室
- 国家环境保护生态工业重点实验室#
环保部工程技术中心
- 国家环境保护技术管理与评估工程技术中心
国家体育总局体育社会科学重点研究基地
- 清华大学国家体育总局体育社会科学重点研究基地
国家安全生产技术支撑体系专业中心实验室
- 国家安全技术支撑体系国家级中心关键储备设施火灾安全与应急技术基础研究实验室
国家文物局重点科研基地
- 空间信息技术在文化遗产保护中的应用研究国家文物局重点科研基地（清华大学）
国家中医药管理局中医药科研三级实验室
- 中药化学实验室
文化部国家文化产业研究中心
- 国家文化产业研究中心
北京市重点实验室
- 传热与能源利用北京市重点实验室
- 绿色反应工程与工艺北京市重点实验室
- 膜材料与工程北京市重点实验室
- 蛋白质药物北京市重点实验室
- 精细陶瓷北京市重点实验室
- 二氧化碳资源利用与减排技术北京市重点实验室
- 城市综合应急科学北京市重点实验室
- 微量分析测试方法与仪器研制北京市重点实验室
北京市工程实验室
- 电子商务交易技术北京市工程实验室
北京市(高等学校)工程研究中心
- 北京市集中生物燃气利用工程技术研究中心
- 可视媒体智能处理与内容安全北京高等学校工程研究中心
- 铁路客运服务系统北京市工程研究中心
北京市哲学社会科学研究基地
- 清华大学应急管理研究基地
校际合作
- 清华大学-北京大学生命科学联合中心
具有认可资质的科技服务机构
- 清华大学建筑环境检测中心
- 清华大学土水学院建筑材料实验室
- 清华大学房屋安全鉴定室
- 清华大学结构工程检测中心
- 清华大学水利系水文水资源所
- 清华大学环境影响评价室
- 清华大学环境质量检测中心
- 清华大学汽车安全与节能国家重点实验室汽车碰撞实验室
- 清华大学放射性防护室
- 清华大学分析中心
与地方共建研究院
- 深圳清华大学研究院
- 北京－清华工业发展研究院
- 河北清华发展研究院
- 浙江清华长三角研究院
校级研究院、研究中心、研究所
- 清华大学建筑与城市研究所
- 清华大学建筑节能研究中心
- 清华大学交通研究所
- 清华大学3S(GIS、RS、GPS)中心
- 清华大学环境科学与工程研究院
- 清华大学持久性有机污染物研究中心
- 清华大学循环经济研究院
- 清华大学污染物总量与环境质量控制技术政策研究中心
- 清华大学战略环境评价研究中心
- 清华大学亚太水安全研究中心
- 中俄轻金属材料国际合作研究中心
- 清华大学微米纳米技术研究中心
- 清华大学导航技术工程中心
- 清华大学质谱仪器研究中心
- 清华大学盐碱地区生态修复与固碳研究中心
- 清华大学燃烧能源中心
- 清华大学汽车研究所
- 清华大学网络行为研究所
- 清华大学理论计算机科学研究中心
- 清华大学神经与认知计算研究中心
- 清华大学电力电子工程研究中心
- 清华大学密码理论与技术研究中心
- 清华大学复杂工业过程控制与优化研究中心
- 清华大学安全与防护研究发展中心
- 清华大学微纳米力学与多学科交叉创新研究中心
- 清华大学载人航天研究中心
- 清华大学公共安全研究院
- 清华大学高能物理研究中心
- 清华大学高速铁路技术研究中心
- 清华大学高能量密度研究中心
- 清华大学化工科学与技术研究院
- 清华大学材料科学与工程研究院
- 清华大学原子分子纳米科学研究中心
- 清华大学天体物理中心
- 清华大学结构生物学中心
- 清华大学全球变化研究院
- 清华大学量子信息中心
- 清华大学中国经济研究中心
- 清华大学中国金融研究中心
- 清华大学中国与世界经济研究中心
- 清华大学中国财政税收研究所
- 清华大学中国经济社会数据中心
- 清华大学中国企业成长与经济安全研究中心
- 清华大学绿色跨越研究中心
- 21世纪发展研究院
- 清华大学台湾研究院
- 清华大学中国科技政策研究中心
- 清华大学中国发展规划研究中心
- 清华大学气候变化国际政策研究中心
- 清华大学中国工程科技发展战略研究院
- 清华大学国家软实力研究院
- 清华大学国情研究院
- 清华大学思想文化研究所
- 清华大学国际问题研究所
- 清华大学语言学研究中心
- 清华大学科学技术与社会研究中心
- 清华大学道德与宗教研究中心
- 清华大学老年学研究中心
- 清华大学亚洲研究中心
- 中国科协-清华大学科技传播与普及研究中心
- 清华大学日本研究中心
- 清华大学出土文献研究与保护中心
- 清华大学人文与社会科学高等研究所
- 清华大学华商研究中心
- 清华大学环境资源与能源法研究中心
- 清华大学国际传播研究中心
- 清华大学文化产业研究中心
- 清华大学马克思主义新闻学与新闻教育改革研究中心
- 清华大学伊斯雷尔·爱泼斯坦研究中心
- 清华大学体育与健康科学研究中心
- 清华大学科学技术史暨古文献研究所
- 清华大学艺术与科学研究中心
- 清华大学吴冠中艺术研究中心
- 清华大学张仃艺术研究中心
- 清华大学跨境河流水与生态安全研究中心
- 清华大学恒隆房地产研究中心
- 清华大学能源环境经济研究所
- 中韩核能制氢联合研究中心
- 中美生物燃料联合研究中心
- 清华大学移动计算研究中心
- 清华大学工程教育研究中心
- 清华大学海洋技术研究中心
- 清华大学艾滋病综合研究中心
- 清华大学临床神经科学研究院
- 国家服务业外包人力资源研究院
- 清华大学药物研发中心
- 清华大学信息无障碍技术研究中心
- 清华大学中国车用能源研究中心
- 清华大学低碳经济研究院
注释
参考文献
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