2011年至2012年球季是天水圍飛馬的第4個球季，同時是連續第4季在香港最高級別聯賽的香港甲組足球聯賽角逐。今屆球隊繼續以陳曉明執教，是球隊首次續用主帥。
季前熱身賽
球隊於7月中正式開操FLG，並約戰了上屆聯賽亞軍的南華於跑馬地遊樂場友賽，結果兩隊打平1-1，握手言和。在飛馬前往北京習訓前，飛馬亦約戰了標準流浪及大埔友賽熱身，分別以3-0取勝及1-2負於對手。及後，飛馬北上北京習訓一星期，其間安排了多場友賽，提升球員的狀態及培養球員間的默契。球隊習訓友賽成績不俗，包括3-2擊敗北京體育大學，兩度面對天津泰達預備組並取得一勝一和的成績，2-0擊敗北京城運隊以及以7-1大破北京東仁汽車隊，以四勝一和的成績結束習訓。
港甲
賽程表
積分榜
高級組銀牌
本屆銀牌於10月中開打，飛馬由於在上屆第二圈中出局，故本屆要從第一圈開始征途。為了增加銀牌作為亞洲足協盃資格賽的說服力，以及配合漸漸成熟的主客制，本屆賽制改為主客兩回制，以兩回合的總比數分出高下。飛馬在第一圈即要面對上屆港甲冠軍的傑志，主場首回合任正選的麥基接應伊達的傳中球射入，協助飛馬以1-0優勢完半場。惟優勢卻未能保持至完場，陳銘剛72分鐘回傳錯誤，令後備入替的佐迪為傑志取得寶貴的作客入球，雙方最終亦以1-1打成平手完場，次回合再決勝負。
次回合比賽移師至傑志的主場將軍澳運動場比賽，傑志掌握一球作客入球的優勢下只需守和便可以晉級，而飛馬則必需取勝方可晉級。而首回合中射入一球的飛馬射手麥基則繼首回合後，再次攻破傑志大門。在19分鐘接應張健峰的傳中球頂入網窩，令飛馬得以憑藉一球的優勢，最終以總比數2-1淘汰傑志晉級半準決賽。
第二圈飛馬面對標準流浪，兩回合皆未有遇到太大阻力。飛馬先由伊達射入由卡里祖制造的十二碼取得領先優勢，再在上半場補時階段李康廉把握對手犯錯單刀射入令飛馬以兩球優勢完半場。下半場飛馬繼續施壓，伊達再次射入十二碼，卡里祖亦以個人突破射成4-0。小將李嘉進亦接應李康廉的傳中球，突破對手防線取得首個職業生涯入球，助飛馬以5球大勝對手，幾乎肯定晉級準決賽。
次回合飛馬以部分副選應戰，但飛馬仍能大勝流浪出線。飛馬下半場由盧卡斯利用身體優勢頂入加盟飛馬後首個入球，打破僵局。伊達亦在86分鐘推過對手門將梁興傑射入空門，乘勝追擊。補時階段飛馬再入兩球，先由麥基近門窩利抽入，及後劉嘉城亦在入球名單上榜上有名，令飛馬兩回合計以9-0大破對手晉級。
準決賽飛馬面對宿敵南華，上月聯賽碰頭時兩隊球員發生衝突令比賽更添話題性。比賽在65分鐘引發高潮，陳肇麒接應角球迎頂破網助南華取得領先優勢。僅一分鐘後，飛馬憑張健峰在禁區外勁射破網追成平手。但再過一分鐘後的67分鐘，歐陽耀冲把握飛馬門將高田壽典犯錯罰球直射破網，令南華得以重奪領先優勢。飛馬隨即積極反撲，終在88分鐘伊達接應鄧景煌半傳半射的傳球射入，助飛馬追成平分完場。南華挾著兩球作客入球的優勢回加路連山，次回合兩隊再戰。
準決賽次回合飛馬終於要終結在銀牌賽的旅程，無緣決賽。南華先憑祖爾4分鐘接應角球頂入領先，更添優勢。隨後飛馬雖然積極反撲，但皆未能轉化成入球。伊達雖然得到操刀十二碼的機會，但主射極刑卻被葉鴻輝救出。如果飛馬總比數以2-3不敵南華，本屆銀牌賽以四強止步。
聯賽盃
飛馬作為上屆亞軍，直接晉身第二圈面對首圈淘汰港菁的四海流浪的挑戰。飛馬於僅2分鐘打開缺口，高梵左路傳中，麥基雖然前柱失機，皮球卻由後柱的李康廉射入網內，飛馬閃電領先。但飛馬未能領先完半場，40分鐘李家豪右路推過張健峰射入扳成平手，而且將比數延至下半場，令比賽需要進入加時。加時麥基展現其射手本色，先接應李康廉的傳中頂入助飛馬打破僵局，至加時下半場兩度射破對手大門大演帽子戲法，令飛馬得以以4-1擊敗對手晉級準決賽。
準決賽飛馬面對公民，先由李康廉於10分鐘左路窄位射入罰球領先，至完半場前再由麥基接應盧卡斯的傳中頂入擴大比數。下半場麥基繼上一圈後再大發神威，53分鐘補射入網梅開二度。雖然及後法圖斯藉十二碼扳回一成，惟及後再被卡里祖射入，鎖定4-1的比數完場，助飛馬近三屆第三度打入聯賽盃決賽。
原定決賽在香港大球場上演，惟經飛馬及傑志雙方同意下將比賽場地移師至旺角大球場上演。飛馬全場發揮未如理想，傑志多番施射威脅大門，皆被門將高田壽典化解。但在35分鐘雅高接應梁子成傳球突破飛馬防線，再推過門將射入，令飛馬以0-1的比數完半場。下半場飛馬表現依舊沒有起色，61分鐘再被梁子成突破防線，傳予盧均宜門前撞入。縱使飛馬由卡里祖射入十二碼追回一球，但最終仍以1-2落敗。三度打入聯賽盃決賽，卻三度落敗而回。
足總盃
球會
球員名單
球會教練團及管理職員
球衣
球衣製造商：Adidas
球衣廣告商：PlayStation 3
主場球場
贊助
*主贊助商 - PlayStation
*官方指定健康營養飲品 - 白蘭氏
*官方合作網站 - 雅虎
*官方印刷品贊助 - 咭片皇
*特別贊助 - 榮華餅家
*官方球衣製造商 - Adidas
*官方贊助 - 博美娛樂
*官方指定髮型設計 - [http://www.hair-corner.com/ Hair Corner]
*特別鳴謝 -
*合作夥伴 - [http://www.sportsline.com.hk/ Sportsline]
數據
所有賽事統計
:數據截至2012年5月26日
各項比賽成績
正選陣式
數據截至2012年5月26日，以下列表根據飛馬在2011/12賽季所有正式比賽所統計出的正選陣式次數，包括港甲、高級組銀牌、聯賽盃及足總盃。
正選陣容
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4–5–1 陣式
隊長
數據截至2012年5月26日，以下列表根據香港足總網站球賽結果的正選隊長記錄所統計出，包括所有香港足總在2011年至2012年賽季有所記錄的飛馬的比賽。*
上陣及入球次數
截至2012年5月26日
紀律
:更新至2012年5月26日。
神射手
*數據更新至2012年5月26日
助攻榜
*數據更新至2012年5月26日
個人榮譽
轉會
加盟
離隊
參考資料及注釋
;注釋
卡里祖原於上年度下半季以借將身份加盟飛馬，而季末飛馬正式買斷其擁有權。
;參考資料
外部連結
*[https://web.archive.org/web/20190221030322/http://www.tswpegasus.com/ 天水圍飛馬官方網站]
*[http://hk.myblog.yahoo.com/pegasusblog 天水圍飛馬官方網誌]
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