中華民國否認擁有任何大規模毀滅性武器，目前無直接證據顯示中華民國政府擁有任何核子武器，但曾經有兩度研究發展核子武器的計畫。據信中華民國一度推進到只差一兩年就能完成發展核子武器的程度。亦有部分學者認為中華民國仍秘密藏有計畫書與核子武器藍圖。
核子武器
美軍佈署
奉美國總統艾森豪命令，在1952年至1961年間，美軍曾在臺南空軍基地部署12枚核子彈。為因應臺灣海峽緊張情勢，1957年，美國將鬥牛士飛彈運抵中華民國。
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戰事白熱化後，時任美國參謀首長聯席會議主席垂寧（Nathan Twining）多次提到動用核武的可能，認為可快速解決問題，也能向中方表達美方態度，但都遭艾森豪（Dwight D. Eisenhower）否決，國務院也不表支持。艾森豪在8月25日會議中決定調派中途島號（USS Midway）航空母艦與4艘驅逐艦加入第七艦隊。垂寧當天也電報通知太平洋司令，如果動用核武，15架位於關島的B47轟炸機隨時可出動，6架由美軍訓練、臺灣飛行員駕駛的F-100F戰機飛往台灣。但為求謹慎，可能動用戰術核武的考量必須對中華民國政府保密。美方雖以金馬不在中美共同防禦條約範圍為由，在八二三砲戰期間要求放棄金門，蔣中正也反對美軍動用戰術核武的構想，決心死守，但美軍支援仍是戰役中的關鍵。。
1960年至1974年間，美軍在中華民國又部署了可吊掛在戰機上的戰術型核彈，掛載於F-100超級軍刀戰鬥機及F-4幽靈II戰鬥機，但強烈反對中華民國發展核武器，因此雙方的核技術合作也只限于核能發電廠研究等民用項目。
研究方面
1963年8月23日，中華民國政府簽署成為《部分禁止核試驗條約》的原始締約國；翌年5月18日，向聯合國秘書處交存批准書。
1968年7月1日，中華民國政府簽署成為《核武禁擴條約》的原始締約國，1970年1月27日，向聯合國秘書處交存批准書。
核子武器研究計畫在中華民國的發展一直是個爭議問題，由於1969年間，台灣電力公司曾以核電商營名目向加拿大進口了一台4,000萬瓦特的重水反應爐，轉供國防部中山科學研究院使用。為了提煉出高純度的濃縮鈾，中華民國首先以提供核電站使用為由，從國外進口作為發電原料的濃縮鈾。由於核電站使用的濃縮鈾純度一般是3％至5％之間，而生產原子彈至少要達到純度90％以上，必須設法進口原料以提煉出核彈需要的更高純度的濃縮鈾。
1971年，中華民國退出聯合國後，與美國和國際原子能總署簽署三邊協議，聲明繼續遵守《核武禁擴條約》條款，及其下兩項「INFCIRC/133」和「INFCIRC/158」。
自70年代後，美國政府對中華民國的舉動有了警覺，對其核計劃的限制也日益加緊。1972年1月台灣核能研究所的重水反應堆首次達到臨界點，9月燃料原件廠完工，都引起美國注意，時任美國總統尼克森曾要派人去臺拆除核處理設施。中華民國在美國的壓力下，被迫由時任中華民國行政院院長蔣經國出面，公開承諾不從事核武器研究發展。但中華民國仍在加緊核武研製步伐。直到1976年，國際原子能機構按核計劃對中華民國的核設施進行檢查，發現500多克鈽不翼而飛。同時檢查人員還發現中華民國的钚燃料化學試驗室竟然也能生產鈽金屬，並且用的是美國提供的鈾來運作。考慮到事態非常嚴重，美國國務院台灣事務科科長李文以美國國務卿亨利·基辛格的名義訓令安克志大使向中華民國駐美國大使沈劍虹交涉抗議，安克志再度表示美方對中華民國信守承諾不從事核武器研究發展的懷疑。在美國和國際社會的強大壓力下，中華民國首次秘密發展核武器才告終。
1976年9月，台美達成了旨在永久關閉核計畫的協議。蔣經國保證不會發展核廢料再處理設施。第六任中華民國總統就任後啟動了第二次發展核武計劃。這一次中華民國在高度保密的情況下開始研製核武器，核武研製計劃進展得頗為順利。中華民國在1979年至1980年短短兩年內，先後興建了磷酸提鈾先導工廠、壓水式反應器燃料束先導工廠、磷酸提鈾工廠、氧化鈾提純轉化實驗工廠、動力用反應器燃料先導廠、伽馬射線照射廠，並完成了600兆瓦肯都型重水壓水式反應器的概念設計。1985年成功製造了氧化鈾及燃料丸。1987年致力研發雷射鈾濃縮技術。
1988年1月9日，被美國中央情報局吸收為間諜多時的中山科學研究院核能研究所中華民國陸軍上校副所長張憲義逃往美國，基於此前他所提供台灣研製核武器的資料，美方立即向中華民國施壓，要求終止其核武器發展計劃。1月13日，總統蔣經國因心臟病逝世。即使這些發展早已在美國的掌握之中，但美方仍以違反過去的承諾為由質問台灣。原中華民國副總統李登輝繼任總統後再度承諾不發展核武器；1月18日美國會同國際原子能總署到中科院核能研究所突擊檢查，沒收了中科院核研所的重要資料，對發展核武的鈽實驗室進行灌漿，把價值18.5億美元的重水反應爐改裝成只能用於試驗的輕水反應爐，同時搬回台灣核反應堆裡的重水。1月20日，美國在台協會台北辦事處處長丁大衛單獨面見郝柏村，提示偵察衛星的照相，發現在九鵬有小型核爆，要求確實執行雷根和李登輝的終止核武研發的協定。1988年到1991年清點核燃料棒數量并全部運回美國，當時有699根燃料棒以乾式貯存存放，處理過程中因部分燃料棒護套年久劣化，燃料棒中的金屬鈾跟水氣經過擦撞產生氫氣，在抽出燃料棒時前後共發生六次氫爆、一次大火，歷經三年左右的時間才順利取出空運至美國，但氫爆後放射性物質已流到核研所下方國有地。
中華民國遵行國際原子能總署1993年加強「全面預防保證協議」（CSAs）的「93+2計畫」措施。
2007年10月19日，國民黨立委蘇起在立法院質詢，推理陳水扁總統下令中科院重新研發核彈，行政院長張俊雄、國防部長李天羽鄭重否認政府有研發核武的想法與作為，「我們絕對不會發展核武，也不會保有核武器」。軍備局中科院前「核能研究所」已於1988年移編行政院原子能委員會，國際原能總署亦自1995年起對中科院實施六次核子保防檢查，確認臺灣未從事核武發展。
2014年1月，中華民國與美國更新和平使用核能合作協議，包括新的「123協議」，於6月22日續約生效
生物武器
1925年的日內瓦議定書已禁止交戰各方在國際武裝衝突中使用生物戰與化學戰武器；中華民國退出聯合國後，於1972年4月10日簽署《禁止生物武器公約》，翌年2月9日完成批准，並交存至美國華盛頓，確認支持遵守該約。1993年時美國情報部門認為中華民國延續了70年代的生物武器計畫；1998年12月，國防部否認台灣正在研發生物武器
*原料：第一分廠（生產硫酸、發煙硫酸）、第二分廠（電解食鹽萃取液態氯、氫氧化鈉、鹽酸）
*化學氣體生產：第四分廠（方藥、生產15公斤裝泡腫氣航空炸彈）、第五分廠（錐藥、生產噴嚏氣手榴彈）、第六分廠（圓藥、生產催淚手榴彈、催淚砲彈）
1936年，產出的主要化學武器以催淚手榴彈為主，但已生產2,170枚空用化學炸彈，原定計畫在1937年後將生產迫擊砲用的芥子氣炮彈，並研製調配光氣與雙光氣；但1937年7月抗戰爆發，位處黃河畔的的鞏縣兵工廠為避免華北日軍南下攻佔，1937年下半年停工，11月全廠拆遷內運，化學廠在1938年4月遷到四川省瀘州高壩，1938年底復工，與廣東兵工廠、四川兵工廠等製火藥廠合併成兵工署第23兵工廠，使用原本原料生產設備改產無煙火藥及硝化棉提供內遷的兵工單位炸藥與火藥，停止化學兵器的研製。
1947年，第23兵工廠與第2兵工廠合併；1948年，中華民國政府將其應用化學所遷往臺灣，由此奠定了中華民國現行化學武器的發展基礎。23兵工廠設備則在1949年11月底中國人民解放軍攻入泸州市時完整移交，後改名瀘州化工廠（現瀘州北方化學工業）。
遷台後
1949年，中華民國政府撤入台灣後，美國海軍在1955年借用國立臺灣大學醫學院附設醫院部分院區設立了（U. S. Naval Medical Research Unit No.2），內設核生化實驗室，該單位對外任務是研究防治亞熱帶疾病與臨床醫學，但與軍事相關的任務則包括協助中華民國進行核生化作戰防禦研究。1978年12月，中美斷交，駐臺美軍則在中美共同防禦條約期滿後奉令撤離。NAMRU-2也遣散了中華民國籍研究人員，遷往菲律賓。1979年3月底，NAMRU-2在中華民國總部正式關閉。雖隸屬於國防醫學院，但在該院的公開編制單位中卻從未出現，一直屬於高度機密的軍事科學研究單位。據了解，該所分為流行病學、細菌學、免疫學、生化學、產程學以及病毒學6個科研小組，同時擁有第四級（最高等級）生物安全實驗室，主要負責微生物生產以及疫苗的培養等生化防護工作。它的成立使中華民國國軍具備了對鼠疫、炭疽熱以及天花等生物武器的製造和偵測能力。
1970年代初，中華民國與西德、南非、以色列等國秘密往來，謀求獲取核生化武器技術，並在生物戰劑的研究方面有過合作。。
參見
*行政院原子能委員會
參考資料
延伸閲讀
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