本表參照基因組分類學資料庫（[https://gtdb.ecogenomic.org/ GTDB]）之分類（版本：v232，2026年4月15日）。此版本共涵蓋24個古菌門、2669個古菌屬，共計10122個古菌物種。本表依照各分類階層字首字母排序，順序非反映古菌間親緣關係。
中文名稱採用慣例以及拉丁名直接意譯，拉丁文意譯參考[https://web.archive.org/web/20050903170150/http://www.bacterio.cict.fr/gender.html 原核生物名稱(英文)]網站。
本表採用基因組分類學資料庫架構，列舉鹽桿菌門（Halobacteriota）、熱原體門（Thermoplasmatota）、甲烷桿菌門（Methanobacteriota）為三個獨立門，在原核生物標準命名列表（LPSN）架構下則三者皆為甲烷桿菌門（Methanobacteriota）的異模式異名。
迷古菌門（Aenigmatarchaeota）
迷古菌綱（Aenigmatarchaeia）
- 迷古菌目（Aenigmatarchaeales）
深古菌門（Altiarchaeota）
深古菌綱（Altiarchaeia）
- 深谷菌目（Altiarchaeales）
阿斯加德古菌門（Asgardarchaeota）
阿斯加德古菌綱（Asgardarchaeia）
- 阿斯加德古菌目（Asgardarchaeales）
阿塔貝古菌綱（Atabeyarchaeia）
- 阿塔貝古菌目（Atabeyarchaeales）
巴德爾古菌綱（Baldrarchaeia）
- 巴爾德古菌目（Baldrarchaeales）
海姆達爾古菌綱（Heimdallarchaeia）
- 海姆達爾古菌目（Heimdallarchaeales）
- 霍德古菌目（Hodarchaeales）
埃爾默德古菌綱（Hermodarchaeia）
- 埃爾默德古菌目（Hermodarchaeales）
喬爾迪古菌綱（Jordiarchaeia）
- 喬爾迪古菌目（Jordiarchaeales）
洛基古菌綱（Lokiarchaeia）
- 海拉古菌目（Helarchaeales）
- 希格恩古菌目（Sigynarchaeales）
** 普羅米修斯古菌科（Promethearchaeia）
尼奧爾德古菌綱（Njordarchaeia）
** 尼奧爾德古菌目（Njordarchaeales）
奧丁古菌綱（Odinarchaeia）
- 奧丁古菌目（Odinarchaeales）
西芙古菌綱（Sifarchaeia）
- 博爾古菌目（Borrarchaeales）
- 西芙古菌目（Sifarchaeales）
索爾古菌綱（Thorarchaeia）
- 索爾古菌目（Thorarchaeales）
悟空古菌綱（Wukongarchaeia）
- 悟空古菌目（Wukongarchaeales）
哈德古菌門（Hadarchaeota）
哈德古菌綱（Hadarchaeia）
- 哈德古菌目（Hadarchaeales）
鹽桿菌門（Halobacteriota）
古丸菌綱（Archaeiglobi）
鹽桿菌綱（Halobacteria）
- 鹽桿菌目（Halobacteriales）
** 阿法古菌科（Afararchaeaceae）
** 鹽適應古菌科（Haladaptataceae）
** 鹽嗜鹼球菌科（Halalkalicoccaceae）
** 海環古菌科（Haloarculaceae）
** 鹽桿菌科（Halobacteriaceae）
*** 鹽厭氧古菌屬（Halanaeroarchaeum）
*** 鹽古菌屬（Halarchaeum）
*** 鹽桿菌屬（Halobacterium）
*** 鹽算菌屬（Halocalculus）
*** 鹽硫還古菌屬（Halodesulfurarchaeum）
*** 鹽貌菌屬（Halospeciosus）
*** 海鹽古菌屬（Salarchaeum）
** 鹽球菌科（Halococcaceae）
** 鹽富饒菌科（Haloferacaceae）
** 鹽魯提古菌科（Halorutilaceae）
** 希克古菌科（Hikarchaeaceae）
** 鹽無色菌科（Natrialbaceae）
** 鹽古菌科（Natronoarchaeaceae）
** 薩琳古菌科（Salinarchaeaceae）
甲烷胞菌綱（Methanocellia）
甲烷微菌綱（Methanomicrobia）
- 甲烷微菌目（Methanomicrobiales）
甲烷嗜鹼菌綱（Methanonatronarchaeia）
甲烷八疊球菌綱（Methanosarcinia）
- 甲烷八疊球菌目（Methanosarcinales）
** 嗜甲烷古菌科（Methanocomedenaceae）
*** 嗜甲烷古菌科（Methanocomedens）
*** 海洋甲烷菌屬（Methanomarinus）
** 甲烷胃古菌科（Methanogasteraceae）
*** 甲烷胃古菌屬（Methanogaster）
** 甲烷吞噬古菌科（Methanoperedenaceae）
*** 甲烷吞噬古菌屬（Methanoperedens）
** 甲烷八疊球菌科（Methanosarcinaceae）
*** 甲烷微球菌屬（Methanimicrococcus）
*** 甲烷擬球菌屬（Methanococcoides）
*** 甲烷碎屑菌屬（Methanofrustulum）
*** 甲烷鹽菌屬（Methanohalobium）
*** 甲烷嗜鹽菌屬（Methanohalophilus）
*** 甲烷葉菌屬（Methanolobus）
*** 甲烷食甲基菌屬（Methanomethylovorans）
*** 甲烷鹹菌屬（Methanosalsum）
*** 甲烷八疊球菌屬（Methanosarcina）
*** 食甲烷菌屬（Methanovorans）
- 甲烷絲菌目（Methanotrichales）
** 甲烷絲菌科（Methanotrichaceae）
- 目未定（DSM-18856）
** 甲烷熱球菌科（Methermicoccaceae）
*** 甲烷熱球菌屬（Methermicoccus）
協同古菌綱（Syntropharchaeia）
胡伯古菌門（Huberarchaeota）
胡伯古菌綱（Huberarchaeia）
- 胡伯古菌目（Huberarchaeales）
熱泉古菌門（Hydrothermarchaeota）
熱泉古菌綱（Hydrothermarchaeales）
- 熱泉古菌目（Hydrothermarchaeales）
伊恩古菌門（Iainarchaeota）
伊恩古菌綱（Iainarchaeia）
- 伊恩古菌目（Iainarchaeales）
初古菌門（Korarchaeota）
初古菌綱（Korarchaeia）
*初古菌目（Korarchaeales）
甲烷桿菌門（Methanobacteriota）
甲烷桿菌綱（Methanobacteria）
- 甲烷桿菌目（Methanobacteriales）
** 甲烷桿菌科（Methanobacteriaceae）
*** Methanacia
*** Methanarmilla
*** 甲烷桿菌屬（Methanobacterium）
*** 甲烷小桿菌屬（Methanobaculum）
*** Methanobinarius
*** 甲烷短桿菌屬（Methanobrevibacter）
*** Methanocatella
*** 甲烷柔菌屬（Methanoflexus）
*** Methanorudis
*** 甲烷球型菌屬（Methanosphaera）
*** 甲烷螺旋菌屬（Methanovirga）
** 甲烷熱桿菌科（Methanothermobacteraceae）
*** 甲烷熱桿菌屬（Methanothermobacter）
- 目未定（DSM-2088）
** 甲烷嗜熱菌科（Methanothermaceae）
*** 甲烷嗜熱菌屬（Methanothermus）
熱球菌綱（Thermococci）
- 甲烷難養菌目（Methanofastidiosales）
** 甲烷難養菌科（Methanofastidiosaceae）
- 熱球菌目（Thermococcales）
** 熱球菌科（Thermococcaceae）
*** 古球菌屬（Palaeococcus）
*** 火球菌屬（Pyrococcus）
*** 熱球菌屬（Thermococcus）
微古菌門（Micrarchaeota）
微古菌綱（Micrarchaeia）
- 安斯頓古菌目（Anstonellales）
- 布拉古菌目（Buraarchaeales）
- 微古菌目（Micrarchaeales）
- 諾榮加古菌目（Norongarragalinales）
納蛭古菌門（Nanobdellota）
納蛭古菌綱（Nanobdellia）
納鹽古菌門（Nanohalarchaeota）
納鹽古菌綱（Nanosalinia）
- 納鹽古菌目（Nanosalinales）
熱原體門（Thermoplasmatota）
薄暮古菌綱（Penumbrarchaeia）
波塞頓古菌綱（Poseidoniia）
熱原體綱（Thermoplasmata）
- 鹽古原體目（Halarchaeoplasmatales）
- 酸土原體目（Lutacidiplamatales）
- 甲烷馬賽球菌目（Methanomassiliicoccales）
** 甲烷馬賽球菌科（Methanomassiliicoccaceae）
** 甲烷嗜甲基菌科（Methanomethylophilaceae）
- 中山原體目（Sysuiplasmatales）
- 熱原體目（Thermoplasmatales）
** 熱原體科（Thermoplasmataceae）
*** 酸原體屬（Acidiplasma）
*** 穴原體屬（Cuniculiplasma）
*** 鐵原體屬（Ferroplasma）
*** 氧原體屬（Oxyplasma）
*** 嗜酸菌屬（Picrophilus）
*** 熱裸單胞菌屬（Thermogymnomonas）
*** 熱原體屬（Thermoplasma）
熱變形菌門（Thermoproteota）
沉積古菌綱（Bathyarchaeia）
甲基甲烷古菌綱（Methanomethylicia）
硝化古菌綱（Nitrososphaeria）
熱變形菌綱（Thermoprotei）
- 地古菌目（Gearchaeales）
- 熱絲菌目（Thermofilales）
- 熱變形菌目（Thermoproteales）
熱變形菌綱_A（Thermoprotei_A）
- 火星古菌目（Marsarchaeales）
- 硫化葉菌目（Sulfolobales）
** 酸葉菌科（Acidilobaceae）
** 硫還原球菌科（Desulfurococcaceae）
** 費爾維迪球菌科（Fervidicoccaceae）
** 燃球菌科（Ignicoccaceae）
** 燃球體科（Ignispheraceae）
** 熱網菌科（Pyrodictiaceae）
** 硫化葉菌科（Sulfolobaceae）
溫蒂古菌門（Undinarchaeota）
溫蒂古菌綱（Undinarchaeia）
- 溫蒂古菌目（Undinarchaeales）
未定門
甲烷嗜高熱菌綱（Methanopyri）
- 甲烷嗜高熱菌目（Methanopyrales）
** 甲烷嗜高熱菌科（Methanopyraceae）
*** 甲烷嗜高熱菌屬（Methanopyrus）
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