后）領土範圍（未包括数次北伐收复的土地），橙黄色則為前燕的領土範圍]]
東晉政區襲承西晉，也是實行州郡縣三級制。其特點是州郡越分越多，轄區縮小。西晉末年，大量流民南渡。東晉朝廷為了安撫僑民及僑姓世族，以原籍州郡縣名寄治別處，而無實地，此即僑州郡縣。等到安定後實施土斷，使其州郡領有實地，戶籍和賦役與一般州郡縣相同。
東晉政區隨其疆域的變化而有增減。由於外族入侵與晉軍北伐，北疆時常變動；四川先後出現成漢、譙蜀等國；東南疆域大致固定。晉元帝時期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一帶。成漢佔據四川，於347年被桓溫滅。桓溫發動三次北伐，一度收復山東及河南地區，後敗於前燕而止。前秦屢次入侵東晉領土，此時東晉僅剩揚、荊、江、廣、交、豫、徐、兗、益、寧七州，及兗、青、冀、司、幽、-{并}-、益等僑州，共十五州。383年淝水之戰，前秦慘敗。隔年謝玄北伐，成功收復黃河、秦嶺以南地區。之後東晉內亂，桓玄篡位，譙蜀獨立，疆域萎縮。劉裕崛起後攻滅譙蜀並發動兩次北伐，收復四川、山東、河南及關中地區。然而劉裕因故返京，將領內亂，夏人入侵，關中得而復失。此時東晉領有揚、北徐、豫、江、北青、司、荊、北雍、東益、寧、交、廣、北-{并}-、北冀、梁、徐、北兗等十七州，及幽、冀、東秦、青、-{并}-、兗、秦、雍等僑州，共二十五州。
近期考古发现，西晋灭亡后，今朝鲜平壤及其西南的黄海道信川郡还有忠于晋朝的势力，东晋因而得以任命佟寿为昌黎、玄菟、带方太守，这一地区使用晋朝年号至少直到元兴三年（404年），后来才被高句丽所兼并。
疆域
東晉所據疆域，完整者只有揚、荊、江、湘、交、廣六州而已，其他如豫州、徐州只佔一部分，至於司、兗、梁、益、寧等州則數度出入。又涼州自涼州刺史張軌至張駿時，始終奉晉之正朔，雖與東晉相隔離，在名義上仍為東晉之領土。
制度
東晉行政區劃分為實州郡縣、僑州郡縣兩種：
實州郡縣，為一般州郡縣，既有其人民，又有其土地。
僑州郡縣，是東晉實行的一種特殊的行政區劃制度，即故土淪亡，以原籍州、郡、縣名寄治別處，只有僑民，而無土地。永嘉之亂以後，中原人民大批南遷。為籠絡人心、安置大族，便就地按流民原來籍貫在南遷之地設置原籍州、郡、縣。當時僑州、僑郡、僑縣集中在長江流域，特別在建康（今江蘇南京）和荊州（今湖北江陵）附近。這些僑州、郡、縣與實州、郡、縣形成較為複雜的統領關係，主要如下四種：
*一、實州既統領實郡、實縣，又統領僑郡、僑縣。
*二、實郡既統實縣又統僑縣。
*三、僑州既統領實郡、實縣，又統領僑郡、僑縣。
*四、實郡中也有統領僑縣的。
除了僑州郡縣外，還有雙頭州郡、左郡左縣、僚郡、俚郡等。雙頭州郡即兩州或兩郡同治一地，一人帶兩州刺史或兩郡太守。這主要起源於僑寄，即一州一郡本土淪亡，寄治他州他郡，如南秦為僑州，寄治梁州治南鄭，由一人任刺史，稱為梁、南秦二州；又如巴西為僑郡，寄治梓潼郡治所涪縣，由一人任太守，稱為巴西、梓潼二郡。
行政區劃列表
以下郡縣表根據近人著作及有關之史志典籍整理而成，參考書目如下：
*《晉書‧地理志》，唐代房玄齡等著
*《宋書‧州郡志》，南朝沈約著
*《水經注》，北魏酈道元著
*《東晉疆域志》，清代洪亮吉著
*《中國歷史地圖集》，近代譚其驤主編
*《華陽國志校注》，劉琳著
*《宋書州郡志匯釋》，胡阿祥著
*《六朝疆域與政區研究》（增訂本），胡阿祥著
*《華陽國志校補圖注》，任乃強著
*《晉書地理志校注》，孔祥軍著
*《中國行政區劃通史·三國兩晉南朝卷》，胡阿祥、孔祥軍、徐成合著
見於《晉書‧地理志》，後世典籍無明確交代或記載不清楚之縣份列為廢棄縣份。
註解
參考資料
出處
書籍
*劉琳，《華陽國志校注》，成都：巴蜀書社，1984
*胡阿祥，《六朝疆域與政區研究》（增訂本），北京：學苑出版社，2005
*任乃強，《華陽國志校補圖注》，上海：上海古籍出版社，2009
*孔祥軍，《晉書地理志校注》，北京：新世界出版社，2012
*胡阿祥、孔祥軍、徐成合著，《中國行政區劃通史·三國兩晉南朝卷》，上海：復旦大學出版社，2014
*房玄齡，《晉書》，維基文庫
*沈約，《宋書》，維基文庫
*魏收，《魏書》，維基文庫
*李吉甫，《元和郡縣圖志》，維基文庫
*樂史，《太平寰宇記》，維基文庫
地圖
*譚其驤，《中國歷史地圖集》（正體字版），臺北：曉園出版社，1990
*[http://maps.google.ca/maps?hl=zh-TW&tab=ll Google地圖]
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