1939–40年香港甲組足球聯賽，參賽隊伍與上屆一樣，維持 11 支球隊參賽。南華A奪得聯賽冠軍，東方連續兩屆獲得亞軍，南華B得到季軍，是香港甲組足球聯賽歷來首次由華人球隊包辦三甲。

本屆高級銀牌冠軍，則由東方奪得，亦是該隊歷來首個重要錦標

聯賽榜
若果有部分球隊於聯賽榜中取得相同分數，則根據有關球會的對賽成績決定。而對賽成績相同之排名方法，則根據下列次序排名：# 有關賽事的分數

有關賽事的得失球

有關賽事的得球

參考資料
外部連結

• [http://www.hkfa.com/ 香港足球總會官方網頁]
• [http://www.davidto.com/siuming/pastleague/?year=1946 香港足球聯賽歷屆資料]